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全球首次完成并公布椰子全基因组测序
作者: 重要新闻 来源: 椰子研究所 日期: 2017-12-13 点击:        打印  ] 我要分享

近日,由热科院椰子研究所、热带生物技术研究所、华大基因和法国农业国际合作研究中心(CIRAD)等单位共同完成了椰子(Cocos nucifera L)的基因组测序拼接及序列分析工作,海南高种椰子全基因组测序的完成及公布尚属全球首次。

该项研究是在海南省科技厅国际合作专项、科技重大专项和热科院基本业务费的支持下,由热科院椰子研究所主导完成,并于10月5日在线发表在《大数据科学》(GigaScience)杂志上,椰子研究所的肖勇博士和范海阔博士、华大基因的许鹏威以及法国CIRAD的Luc Baudouin博士并列第一作者,椰子研究所的杨耀东研究员,热带生物技术研究所的彭明研究员为共同通信作者。

该研究完成了对椰子的基因组序列拼接,生成了大小为2.20Gb的椰子基因组草图,基因组覆盖度90.91%(2.42Gb)。作为椰子的蓝图,整个基因组存在28039蛋白质编码基因,归属于14411个基因家族,其中有282个家族是椰子特有的,这些信息为椰子功能基因组的研究提供了很好的基础。目前围绕基因组序列数据基础,一个高密度的遗传图谱及更精细的椰子基因组图谱正在构建中,棕榈染色体的演化及椰子耐盐的特性的组学分析工作也将于近期完成。

椰子全基因组的公布同时也开启了椰子的后基因组时代,海南高种椰子作为一个参考基因组,将为椰子个体的重测序、功能基因的挖掘(高抗,优质相关)及抗逆分子机理(低温、高盐、干旱等)和重要品种形成机理的研究(香味、颜色等)、DNA分子标记的开发、椰子重要农艺性状的解析和关联分析、全基因组关联分析等提供参考体系,同时也为国内外椰子科技的合作提供纽带,抗寒、耐旱、耐盐、高油基因组的挖掘与利用有可能推动椰子产业取得飞跃性进展。

  这是椰子所占据全球椰子研究制高点的关键一步,是全球椰子科技里程碑性的事件,对于扩大我院在全球的科技影响意义巨大,同时将极大地促进椰子遗传育种的研究与应用。目前该信息已经引起椰子科技界的轰动,法国、澳大利亚、斯里兰卡、印度等研究单位已向我院提出进一步深度合作的希望。

椰子是一种重要的热带水果以及油料作物,椰子种植及加工是世界热区国家的农业支柱产业,事关热区国家经济发展和人民福祉;同时也是海南省的省树,是热带地区的名片,有200万人直接或间接从事椰子产业,对海南地方经济和社会的发展起着非常重要的作用。

 

 

文章链接:https://academic.oup.com/gigascience/article/doi/10.1093/gigascience/gix095/4345653/The-genome-draft-of-coconut-Cocos-nucifera